В конце 1980-х годов в России не было музейного собрания неофициального искусства. Тогда мне стало ясно, что Ленинграду нужен такой музей. Я ждал его, как все, с нетерпением. Посещал выставки с участием галерей, которые одна за другой появлялись в городе. В мастерских художников встречался с В. Пушкарёвым, который хотел создать музей в Москве, и с М. Шейнбаумом, собиравшим работы для Манежа. Знакомился с коллекциями С. Ласкина, Н. Благодатова, Логиновых, Чудновских, Сидоровых, Фронтинского.

Основатель и директор Государственного музея
«Царскосельская коллекция» А. М. Некрасов

С февраля 1988 года в здании на улице Карла Маркса (Магазейной) размещалась Учебная мастерская живописи, именно тогда возникла идея создания музея. Вокруг мастерской сплотились художники, начала формироваться коллекция. Многое приходилось искать и делать впервые. Критерии, на которые мы ориентировались при отборе картин — это живописность, пластичность, сочетание духовно-созерцательного и научно-изыскательного подходов. Понимание того, что именно такое объединение живописного и духовного должно быть взято за основу коллекции, окончательно сложилось на выставке Владимира Стерлигова, проходившей в музее Достоевского в 1989 году.

Уже на открытии первой постоянной экспозиции музея были представлены основные направления коллекции — ленинградские неформальные художественные объединения и художники, продолжавшие традиции русского авангарда.
Все они, выбрав путь исследования живописной формы и цвета, в сложнейших условиях репрессий, войны и разрухи не только вели работу по осмыслению грандиозных по масштабам, космических идей родоначальников русского авангарда К. Малевича, М. Матюшина, П. Филонова, но и обратили свои взоры к пространству микрокосмоса, нашли собственную интонацию в пластическом разговоре о человеке.

В настоящее время экспозиция музея состоит из трех основных разделов: первый раздел охватывает период 1920-40-х годов, второй — 1950-90-х годов, третий раздел посвящен художникам Арефьевского круга.
Значительную часть музейного собрания составляет коллекция графики, произведения из которой регулярно выставляются в Графическом кабинете.

Учебную мастерскую можно рассматривать как научно-исследовательскую лабораторию в области искусства, в которой ведутся практические занятия по изучению художественных произведений из фондов музея. Это дает возможность проникнуть в тайну сложения картины и по-новому переосмыслить установившиеся взгляды на современное искусство.